Kratiškių kaime, Vlado Mačiuko troboje, mokykla  buvo jau 1912 metais.  Vėliau ją kėlė iš vienos vietos į kitą. Kratiškių kaimo vaikai mokėsi tai Skamarakuose, tai Naujikuose. Vienu metu Naujikų kaime įsikūrusioje mokykloje mokėsi apie 70 mokinių. Butniūnų kaimo vaikai lankė mokyklą Auliuose, kuri vadinosi Butniūnų pradžios mokykla.
      1939 metais Butniūnuose, A. Darčkaus žemėje, pradėta statyti pradinė mokykla. Daug padėjo tėvai, todėl jau po metų mokiniai ir mokytojai susirinko į naują geltonai dažytą  Butniūnų pradinę mokyklą. Pastato statybai išleista 50 000 litų. Mokytojas Šernas rašė, kad mokykloje mokėsi apie 90 mokinių, o juos mokė tik 1 mokytoja.
         Mokykla išgyveno 1939-aisiais prasidėjusius sunkius laikus. Vos nebuvo sudeginta vokiečių.
Nuo 1949 metų , kai buvo įvestas privalomas mokymasis,  Kratiškių ir Butniūnų kaimo vaikai turėjo eiti 5-6 kilometrus į septynmetę Jokūbiškių mokyklą, todėl 1957 metais septynmetė mokykla buvo perkelta į Butniūnų pradinės mokyklos patalpas.
         Mokyklai vadovavo direktorė  V. Patkauskienė, dirbo pirmieji šios mokyklos mokytojai:
S. Janulienė, A. Prunskienė, V. Peseckienė, E. Genytė, A. Audickas, V. Janilionis, A. Šarkanas. 1958 metų pavasarį mokyklą baigė pirmoji septintokų laida.
          1960- aisiais mokyklos direktore paskirta O. Darčkuvienė. Trečiaisiais jos darbo metais mokyklą lankė 125 mokiniai net iš 16 aplinkinių kaimų. 1962 metais mokykloje buvo įvesta elektra.
         1966 metais pradėta statyti naujoji mokykla. Jos atidarymo šventės teko laukti iki 1968 metų kovo. Vėliau Butniūnų pagrindinė mokykla pavadinta Kratiškių pagrindine mokykla.
Mokyklos direktoriai:
          1960-1986  m. - O. Darčkuvienė;
          1986-1987  m. - V. Stanulevičius;
          1987-1988  m. - S. Rožėnienė;
          1987-1988  m. - B. Galvelienė;
          1989-1999  m. - J. Čepas;  
          1999-2010  m. -V. Butkevičius;
           2010-2011 m.- V. Pavilonienė
           nuo 2012 m. D. Žalinkevičienė